1994 yılında lojmanında ölü bulunan Çillioğlu'yla ilgili soruşturma oğlu Gökhan Çillioğlu'nun cinayet iddiası üzerine başlatıldı.

Soruşturma kapsamında Çillioğlu'nun mezarı açılarak yapılan incelemede, saç köklerinde arseniğe, kürek kemiğinde ise kurşun yarasına rastlandı.
Bulgular ışığında boyut değiştiren soruşturmada Gökhan Çillioğlu'nun ifadesine başvuruldu.

Oğul Çillioğlu, olayın ardından ''ölü muayene ve otopsi'' tutanağını tanzim eden dönemin savcısının görevini tam yapmadığını belirtti.

Soruşturmadaki en önemli gelişme ise intihar notundaki imzanın Çillioğlu'na ait olmadığının tespitiyle yaşandı.

Soruşturmaya ait bilirkişi heyetinin raporu da tamamlandı.

Elde edilen deliller ve kemikler üzerinde yapılan incelemenin ardından hazırlanan 62 sayfalık raporun sonuç kısmında ''olay intihar değil, cinayet'' ifadesi yer aldı.